質(zhì)粒電泳3條帶？5條帶？一文告訴你原因

1.相信很多小伙伴將質(zhì)粒電泳后發(fā)現(xiàn)，質(zhì)粒不是單一條帶，而是出現(xiàn)了很多條帶，例如下圖：

2.質(zhì)粒為什么出現(xiàn)這樣的情況？

一般理解來說，質(zhì)粒DNA應(yīng)如圖2（左）所示的簡單環(huán)狀結(jié)構(gòu)。然而，雙鏈環(huán)狀DNA的分子軸變形或雙螺旋的扭曲，導(dǎo)致閉合環(huán)狀DNA中每個螺旋轉(zhuǎn)彎的實際堿基對數(shù)量發(fā)生變化，或者導(dǎo)致螺旋軸發(fā)生規(guī)則的空間變形，產(chǎn)生拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，形成質(zhì)粒DNA的超螺旋性狀（圖2右）。

因此，不同的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)將使質(zhì)粒DNA形成多種形式，包括共價封閉圓形（CCC）形式、開放圓形（OC）形式（也稱為“缺口形式"）和線性形式（通常通過奇特的限制性消化獲得）。在CCC形式中，兩條DNA鏈?zhǔn)枪矁r閉合的，DNA是超螺旋的。這種亞型的結(jié)構(gòu)最緊密。如果DNA斷裂產(chǎn)生缺口，就會產(chǎn)生OC，卷曲也就消失了。當(dāng)兩條線在同一位置斷裂時，就會產(chǎn)生線性形式。此外，質(zhì)?？赡芤怨丫垠w形式出現(xiàn)，例如串聯(lián)體，而串聯(lián)體又可能以不同的異構(gòu)體形式存在。所有這些形式都可以通過瓊脂糖凝膠電泳觀察到。但出現(xiàn)多少種條帶會根據(jù)你的質(zhì)粒提取技術(shù)、質(zhì)粒的新鮮程度、電泳液的配置以及瓊脂糖凝膠的配置等有所不同。

2.怎么區(qū)分質(zhì)粒的電泳條帶？

一般來說，質(zhì)粒遷移速度由快到慢分別是共價封閉原形（超螺旋）形式、線性和開放圓環(huán)（開環(huán)）形式，并伴隨著其他形式。原因是：電泳DNA遷移速率與分子大小和構(gòu)象相關(guān)，分子構(gòu)象越大，空間位阻阻力越大。超螺旋結(jié)構(gòu)較為緊密，因此跑的快；開環(huán)質(zhì)粒由于DNA斷開，阻力增大，因此跑的最慢。

3.怎么驗證質(zhì)粒是否可用？

綜上所述，質(zhì)粒存在多少條帶與多種因素相關(guān)，沒有存在絕對的衡量標(biāo)準(zhǔn)。但如果用限制性內(nèi)切酶消化質(zhì)粒DNA，只會出現(xiàn)一條清晰的條帶。并且，由于酶切形成線性化DNA片段，其電泳遷移速率會比對照組原始質(zhì)粒的超螺旋結(jié)構(gòu)速度慢，可以檢驗質(zhì)粒是否被切開。

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